张柬之在确定了武则天退位，李显当皇帝后，当下下令抓捕张氏其他人，把张昌期、张同休、张昌仪等人都斩杀了。
同一天，袁恕己跟随相王李旦，统领南衙兵防备事变，并把韦承庆、房融及司礼卿崔神庆抓捕，这些人都是张易之的同党。
这样一来，武则天彻底成了囚犯一样，完全没有了自由。
甲辰，也就是清明到立夏这段时间，武则天下旨太子李显监国，赦天下。同时任命袁恕己为凤阁侍郎、同平章事，分别派遣十个使者带玺书宣慰诸州。
乙巳，五六月间，武则天传位给太子李显。
李显重新即位，当下赦天下，被周兴等所冤枉的人，都令雪冤，子女受连累之罪的，全部赦免。
相王李旦加号安国相王，拜太尉、同凤阁鸾台三品，太平公主加号镇国太平公主。皇族子孙都复属籍，仍恢复官爵。
丁未，六七月间，武则天徙居上阳宫，李湛留宿卫，仍然监禁着武则天。
戊申，七八月间，李显率领百官前往上阳宫，上武则天尊号为则天大圣皇帝。
他不称武则天为太后，而仍然为皇帝，这是释放着一个信号，那就是，他要让天下人知道，他皇位的得来，是从武则天那里继承来的，不是靠政变得到的
庚戌，月份，李显任命张柬之为夏官尚书、同凤阁鸾台三品，崔玄暐为内史，袁恕己同凤阁鸾台三品，敬晖、桓彦范皆为纳言，并赐爵郡公。李多祚赐爵辽阳郡王，王同皎为右千牛将军、琅邪郡公，李湛为右羽林大将军、赵国公；其余有功之人，都得官赏。
公元705年二月，李显亲率百官往上阳宫问武太后起居，自是之后，每十日一往。
这仍然表明他的帝位是从武则天那里继承而来的，并非政变得来。
李治复国号为唐，立妃韦氏为皇后，赦天下，追赠韦后父亲韦玄贞为上洛王、母崔氏为妃。
左拾遗贾虚己上疏，以为："异姓不王，古今通制。今中兴之始，万姓喁喁以观陛下之政；而先王后族，非所以广德美于天下也。且先朝赠后父太原王，殷鉴不远，须防其渐。若以恩制已行，宜令皇后固让，则益增谦冲之德矣。"
这上书很有道理，但是，李显不听。
李显之所以不听，是因为他觉得韦后跟随他太不容易了，如今得志，应当让她高兴，让她恣意而为。
韦后给李显生邵王李重润、长宁、安乐二公主的时候，都是李显被迁往房陵的时候，也是他最艰难的时候。
李显在房陵与韦后被幽闭，备尝艰危，但是，他们情爱甚笃。
李显每次听见敕使到来，就惶恐想要自杀。
韦后每次都制止他说：“祸福无常，还会少了一死的机会何必急成这样”
李显见韦后在自己最艰难的时候都没有离开自己，当下与韦后私誓说：“异时幸复见天日，当惟卿所欲，不相禁御”
他这话，以及后来真的这样做，说明他不是什么智慧之人，因为，平常人，老婆跟你同甘共苦了，你得志了，可以让她高兴，让她败点家；但是，身为皇帝则不行，因为天下不是一个人的天下，天下是天下人的天下，你把天下让给老婆去败，就是昏庸的做法
李显，遗传了李治的昏庸无能。
韦后为皇后之后，李显果然让她为所欲为，让她干预朝政，如武后在高宗之世。
桓彦范见这样下去不行，当下上表，以为：“易称无攸遂，在中馈，贞吉'，书称牝鸡之辰，惟家之索'，伏见陛下每临朝，皇后必施帷幔坐殿上，预闻政事。臣窃观自古帝王，未有与妇人共政而不破国亡身者也。且以阴乘阳，违天也；以妇陵夫，违人也。伏愿陛下览古今之戒，以社稷苍生为念，令皇后专居中宫，治阴教，勿出外朝干国政。”
然而，李显不听。
胡僧慧范以妖妄之术游于权贵之门，与张易之兄弟善，韦后也跟他有说不清的关系。
等到张易之被诛，韦后称慧范预知其谋，按功劳加银青光禄大夫，赐爵上庸县公，同时可以出入宫掖。
桓彦范又上表言慧范执旁门左道以乱政，请诛杀他。
李显同样不听他的话。
李显之所以不听他的话，是因为，他对这些拥护自己上位的功臣有了些看法。
他一是认为自己的帝位是继承而来的，不是夺取的；二是这些大臣权力太大，威胁自己的统治。
实际上，他的帝位真的是夺取而来的，因为，没有神龙政变，朝政被张氏兄弟把持，他们要是假传圣旨，立武氏为帝，还真没李显什么事；至于大臣权力过大，威胁到他，这是事实，问题是，给韦后、武氏权力，不是照样威胁到他吗实在不如给权力给这些大臣，因为他们才是真的有德有才的人才。
张氏兄弟被诛杀之后，洛州长史薛季昶对张柬之、敬晖说：“二凶虽除，产、禄犹在，去草不去根，终当复生”
所谓产、禄，就是指吕产、吕禄，如今就是指武三思他们
张柬之和敬晖说：“大事已定，他们犹如机上之肉而已，有什么作为所诛已多，不可再多啊”
薛季昶叹息说：“我不知道死在哪里了”
朝邑尉武强刘幽求也对桓彦范、敬晖说：“武三思尚存，公辈终无葬地；若不早图，噬脐无及。”
他们也没有听从他的话。
张柬之之所以没有趁机杀死武三思他们，是因为他想着把这些留给皇帝来杀，哪里知道，时机一错过，就再也杀不死武氏了
武三思比他们想象中的狡猾多了，因为他在张柬之拥立李显之前，就已经取得了李显的信任，所以，张氏兄弟会倒台，他却未必会倒台
相反，他已磨刀霍霍，准备着杀掉张柬之他们
他比张柬之他们清楚，只有杀死他们，自己才会拥有权力，最后才有可能篡位成功