褚遂良当上李世民的近臣之后，没有采取明哲保身的做法，而是继续规劝李世民。
李世民想亲自出征高丽，对身边的侍臣说：“高丽的莫离支这个叛贼杀了高丽王，虐待役使高丽的人民。出师抚慰高丽的人民讨伐莫离支，应当趁这个机会，现在因为莫离支反叛亲君肆虐百姓，讨伐他非常容易。”
褚遂良连忙直谏说：“陛下兵机神算，人不能知。从前隋末政治混乱，陛下亲手平定敌贼。到北狄侵犯边疆，西蕃失礼，陛下想命令将领攻打它们，群臣没有不苦言劝谏的，陛下独自决断进军讨伐，结果都被治除平定。境内的人民，域外的国家，害怕神威而恐惧屈服，是因为您的这个举动。现在陛下准备兴师征伐辽东，臣心里迷惑。为什么呢陛下的神威武勇，不比前代的帝王，军队既然渡海伐辽，只期望攻克获胜，万一不能取胜，没有威力向远方显示，如果再发动忿怒的兵众，就安危难测了。”
李世民认为他说得很对。
高丽莫离支害怕李世民去攻打，当下派遣使者进贡白金。
褚遂良对李世民说：“莫离支虐杀他的君主，他的罪过九族所不容，陛下因此举兵，准备抚慰高丽百姓征伐莫离支，为辽山人民的君主受辱报仇雪耻。古时候，讨伐杀君的叛贼，不受他的贿赂。从前杀君的叛臣宋督送给鲁国国君郜鼎，鲁桓公接受了郜鼎，把它安放在太庙里，臧哀伯劝谏说国君显示德行禁止邪恶，而今消灭德行建立邪恶，而在太庙安置叛贼贿赂的器物，百官仿效它，又怎么诛灭叛贼呢武王攻取商，把九鼎迁到洛邑，义士还有非议他的，何况把显示邪恶叛乱的贿赂器物安置在太庙，这像什么样子呢春秋这部书，百王效法，如果收受背叛君主之人的器物，接纳杀君逆贼的朝贡，不认为是过错，怎么讨伐臣认为莫离支所献的白金，自然不能接受。”
李世民采纳这个意见，把进贡的白金交给了使者的属员。
不久，李世民灭了高昌，每年调派一千多人防范控制高昌。
褚遂良上疏说：
“臣听说古代圣明的君主，必定先治理华夏之后再治理异族夷狄，从事扩大道德教化，不使它远离衰败。因此周宣王少征伐，到边境而止；秦始皇于边塞穷兵黩武，中国分离。汉武帝依仗文帝、景帝聚集的财物，凭借军事上的余威，开始与西域交往，开始设置校尉。军队接连出征，近三十年。又在宛城得到天马，在安息采到葡萄。然而境内空虚衰竭，生民百姓流离失所，租税征到六畜，算计到了车船，因此遇到灾年，盗贼并起。搜粟都尉桑弘羊又观望君主的意思，派士卒在轮台屯田，筑城来威胁西域。汉武帝很快而彻底地追溯以往而悔悟，感情从中引发，放弃了轮台的田野，降下文辞凄切悲伤的诏书，人与神都感动得心悦诚服，境内才安乐。假使武帝又采用桑弘羊的意见，天下的生灵都将殄灭殆尽。因此光武年间国家兴旺，势力不越过葱岭；孝章即位，西域都护来归顺。
陛下诛灭高昌，威力施加到西域，收容那里凶恶的人，作为州县。然而君主的军队开始出发的时候，就是河西供役之时，车船飞驰急运粮草，仓库十室九空，数郡萧条，五年都不能恢复。陛下每年派遣一千多人到很远的地方从事耕作防卫，与家人终年离别，万里思归。去的人费用行装，自己必须料理准备，卖完粮食，倒下机杼。路途中的死亡，还在这以外，同时遣送罪人，又须增加对他们的防范控制。那些罪人，生活在从事买卖的集市，整天不务正业，犯禁违法，只会在边城扰乱，确实对战阵无益。所遣送的罪人中，又有逃亡，官府捕捉，给国家造成事端。去高昌的路途，沙漠千里，冬季寒风凛冽，夏天炎风如焚，来往的行人，遇到这样的风大多死去。易经说安不忘危，理不忘乱。假如张掖发生骚乱，酒泉出现战事，陛下难道能够得到高昌一人的粮食来应付这些事吗最终必须发动陇右各州，像流星奔驰雷电闪击般迅速地赶来救援。由此而言，这河西比方是处在心腹，那高昌是他人的手足，怎么能够耗费中华的资财，用来从事没有用的事尚书说不做无益害有益。它所说的正是这种情形吧
陛下道德反映了天赋，威力不施到域外，在沙塞平定颉利，在西海消灭吐谷浑。突厥残余的部落，为他们册立可汗，吐谷浑遗留下来的田民，重新树立君长。又重建高昌，不是没有前例，这就是人们所说的有罪就诛灭它，已经归服就扶立它。四海及域外百族，谁没有听到看到，但凡天下生灵，都会畏惧威力仰慕德行。应当选择高昌可以册立的人册立他为可汗，征召首领，送还原来的国家，使他们承受洪恩，长期成为边境的屏障。中原不受侵扰，既富足又安宁，把这一切传给子孙，遗留永世。”
这封奏疏，既是为唐朝节省人力着想，又能显示大国风范，确实非常有远见。
李世民接受了褚遂良的意见。
贞观二十年，公元646年，太宗在寝殿旁边另外设置一个庭院，让太子居住，不让他到东宫去。
褚遂良又上疏进谏说：
“臣听说周代问安，来三次一定退下，汉朝的太子视膳侍养义母长辈的礼节，五天才来。从前圣人的做法，规模远大。礼说：男子十岁出门就读在教师门下，住宿在外边，是为他的学业盘算。然而古代的贵人，难道没有慈心，减此私爱，是想使他成长自立。世俗人尚且还能这样，何况国君的太子呢自然应当春天诵读诗篇，夏天依弦乐和奏而歌唱，亲近老师，体察人间的各种事情，适应君臣的道理，即使举足伸头远望，都听到高雅的音乐声。好像一年的开始有阳春，青天有日月，弘扬这一美德，才做太子。在下考虑陛下道德孕育三才，功绩包容九州，亲自树立太子，天下没有不感到喜乐自得的。既然说废黜糊涂的太子册立英明的太子，必须称得上是天下仰望的楷模，然而教育他成长的方法，确实十分错误。太子不离父母，平常住在宫内，对师傅的说教不痛快，蔑视经书谈论的道理。况且朋友不能深入交往，深入交往必定有怨恨；父子不可以溺爱，溺爱或许会产生过失。希望陛下远看殷、周的做法，接近遵行汉、魏的方法，不可以马上改变，这事必须一步一步地逐渐改变。试着以十天作为一个阶段，一半的时间送回宫中，使太子专心学习技艺来润泽自己，在天下传布美好的名声，那么微臣即使是死了，也可以说是和活着一样。”
李世民听从了他的意见。
褚遂良之后谏奏及陈便宜书数十以上，多被李世民采纳。