杭州城东北方的石宝、司行方和邓元觉夺回一些营垒，嘉兴防线得到一些恢复。
不仅是钱塘江北岸的石宝部抓住了大周军暂缓攻势、全力保障辎重运输的空档进行反击。钱塘江南岸，萧山绍兴余姚明州一线的方腊军也转守为攻。
数万方腊军轮番进攻钱塘江边虞允文的大营，并且一度突破了寨墙。最危急的时候，张天垒差点将虞允文架起来跑路
然而钱塘江和杭州湾毕竟被大周军牢牢控制。襄州水军、无为军和高邮军的船队沿岸袭扰，还不时登陆作战，使得方腊军功亏一篑。
到六月初一，由于大周官府临时武装起更多雇役、民夫青壮和饥民，接过更多防守后方的任务，大周军得以从环太湖地区挤出上万士兵向南调动，替换十万大军中的伤兵和病员。
韩世忠和王禀只留下两万人马固守大营，在杭州城下摆开八万士兵，推出上千台攻城器械。
因为有数万人参与建造，大周军得以在很短时间内将撞车、铁盾冲车、云梯的数量加倍，还打造了数百台巢车和轒轀车，以及上千幅木幔。
撞车主要用铁皮包尖的大木冲击城门，铁盾冲车用以破坏城门和城墙，复杂的云梯和简陋的木梯用于登城作战。
巢车是一种设有小望楼，用以登高观察敌情的车辆。车上高悬望楼如鸟之巢，故名巢车，又名楼车。
轒轀车是一种四轮无底木车，上蒙牛皮抵御城上箭矢，人在车中推车前行，可掩护士卒抵近城墙进行攻击，但无法直接破坏城墙。一车可藏十人左右，突出优点是结构、用料简单，被破坏后可以重复利用牛皮和车轮。
木幔是一种装有木板作掩护的攻城车，主要作用是在攻城时抵挡类似箭石的投掷物，战国时便有了原型。简单来讲，就是用草、布、木、皮等材料造出一大块东西，挑起悬挂在城墙外，就能对守城一方的抛射物进行缓冲，俗称“布幔”、“木幔”、“篱笆”、“皮帘”。
大周军以松散列阵的长矛手、刀牌手压住阵脚，以民夫青壮推动攻城器械前进，将弓弩手安排在大型器械侧后，直欲将杭州城淹没。
王禀负责调配军械和火器压制方腊守军，韩世忠负责攻城。
有巢车观察敌情，有轒轀车和云梯掩护军士直抵城墙下，有木幔为士兵抵挡方腊军的箭矢和石块儿，大周军减少了大半没必要的伤亡。
方腊军的自造硬弩、神臂弓、床弩、五哨炮和简易投石机等军械有限，在战斗中出现了各种各样的问题，维修的速度总也赶不上消耗。
终于在六月五日当天，大周军利用火器给与了城头的方腊守军以极大杀伤，使用冲车和盾车吸引方腊军的注意力，然后集中十数架云梯登上某段城墙。
大周军第一次大批登城，攻城的军士和民夫高声欢呼。
韩世忠骑着快马到达破口附近，调配军队，扩大战果。
超过两千的蹶张弩手和神臂弓手急奔到被突破的城墙下方，朝着破口两边正急速涌来的方腊军士兵一阵猛射。百米之内，神臂弓可洞穿纸甲、皮甲和锁子甲
射程较远的双弓床弩、三弓床弩，以及五哨炮、七哨炮，也急忙调转方向，将大量打磨好的石弹甚至是火器，不要钱般扔到破口两边的城墙上，将赶来支援的方腊军笼罩在血泊之中。
方腊亲自下令，让八千披甲精锐中的五千人登城参战，终于将登城的三千多大周军精锐赶下城墙。若是再晚上几炷香，大周军就挖塌某处城墙了
六月五日的恶战结束。
方腊在守城上再无任何底牌，杭州城外的壕沟、拒马阵、鹿角木、竹蒺藜、陷马坑和羊马墙全部被毁去或者填平，护城河更是被彻底填埋。
大周军下一次的全力进攻，一定会更加