成吉思汗见丘处机举止怪异，并未着急询问，他知道丘处机的一切所作所为必然有其原因，在这密室之中，丘处机自然都会将所有的疑惑答案告知自己，于是也取过茶水默默喝了起来。
过了两盏茶的功夫，丘处机见檀香冒出的轻烟恢复成一条笔直的烟线，于是又将石门关闭起来。稍显严肃的说道：“贫道以为这神仙是必然存在于天地之间，然吾等凡夫俗子却无法见其真身。古人云，举头三尺有神明，所言即是神仙无时无刻不在关注着天下苍生，贫道即有亲身体会。”于是，丘处机就将一些奇怪的事情说与成吉思汗。
这第一件事，丘处机按照参悟三教经书里炼制外丹的方法屡屡尝试，却屡屡失败，不免有些气馁。忽然有一天睡梦中，见到道教祖师玉清元始天尊、上清灵宝天尊和太清道德天尊三位尊神坐着莲花宝座同时出现，告诉他正心诚意、除情去欲、戒杀戒色、苦己利人的内丹修炼心法是正确的；而从三教经书里参悟的外丹炼制方法也没有错，但是最后关键一步需要神灵点化，并告诉他有无练成内丹对服用外丹的效果差异；最后还向丘处机透露，内丹和外丹都修炼成功的人，如果达到足够修为，甚至还有可能升化到极乐世界。三位祖师说罢，灵宝天尊将手中的玉如意搭在炼丹炉上，只见炼丹炉内溢出一簇金光，随后三位祖师乘风而去。丘处机猛然惊醒，急忙到炼丹炉旁查看，赫然看见炉内出现了几枚泛着金光的褐红色丹药，这便是九枚长生丹的由来。但是丘处机按照一模一样的方法再去炼制，却再也无法成功，每次即将练成之时，丹药忽然都会化为灰烬。
这第二件事，丘处机将梦中得获仙丹的事情说与几位信任的弟子，一开始几位弟子非常兴奋，但是不多时却突然一起头疼起来，然后像什么也没发生过一样，就如根本没听过丘处机讲的长生丹事情。丘处机再试，仍旧如此，甚至用笔墨写下来给他们看，他们看罢以后会突然将纸张撕碎，然后又不明所以。
丘处机因此悟到神灵一定是存在的，有些天机不能随便泄露，否则会遭到神灵的干预，只能靠有缘之人自己参悟。
丘处机还从一些三教经书中偶然发现，金属铅可以避神仙耳目，于是在这长春观的地下室里又造了一座石屋，而石屋的墙壁、屋顶和房门中间全都夹着一层铅板。丘处机领自己最信任的两个弟子宋道安和尹志平进入石屋，将长生丹的事情说与二人知道，二人出了石屋以后果然没有失忆。所以，凡是可能涉及天机的事情，都会在这个石屋内交流。
而这座地下室却是按照成吉思汗的旨意修建的，这里还只是庞大的地下工程的一小处，真正的地下工程还隐藏着一个更大的秘密。
公元1219年，成吉思汗率军攻下当时金朝的国都燕京。三太子窝阔台在巡查金朝的皇宫时，有金朝的降臣献媚告密，说皇宫下有一座正在修建的地宫。窝阔台命降臣领路，果然找到了地宫入口，里面还囚禁着大量的建造工匠。
窝阔台急忙向成吉思汗禀告，成吉思汗立即前往查看。见地宫虽然没有建造完毕，但是建造思路非常新奇，如若不是知情人告密，很难找到地宫入口。成吉思汗大喜过望，于是有了一个大胆的想法。
成吉思汗连年征战，掠夺了无数城池，劫掠的奇珍异宝自然数不胜数，但是存放在哪里一直是个难题。如果随军携带，对长途行军有很大影响；如若放在蒙古漠北草原大本营，因为蒙古人大多居住蒙古包，没有很好的存放场所；而且，蒙古大营留下的大多是妇女、老人和孩童，珍宝放在大营，难免被敌人觊觎、抢掠，给大营带来灾殃。
成吉思汗一直非常喜欢燕京这个风水宝地，有打算平定中原以后，将国都迁到燕京来。这时候发现地宫，让成吉思汗更加喜出望外，这岂不正是藏匿珍宝的理想场地！
于是，成吉思汗命窝阔台派军兵监督工匠继续日夜建造地宫。在大雪山龙马会时，成吉思汗将地宫的秘密告诉了丘处机，而丘处机精通奇门遁甲之术，所以成吉思汗委托丘处机协助窝阔台对建造方法进行改善，增设了一些障眼法和机关，以免被他人发现地宫，只有自己人才有办法开启。
为了进出方便，在长春观和地宫之间又修建了一条地下通道。丘处机殚思极虑，对地宫的隐秘性、通风、采光等方面进行了精心改进，指挥工匠又花费了几年时间，终于将地宫建成。
地宫建成后，所有建造工匠都被窝阔台处死。成吉思汗即派人将珍宝秘密分批转入地宫，然后所有运送珍宝的军士也都被赐死。所以，皇宫下有个地宫，地宫里藏着巨大宝藏的秘密就只有成吉思汗、丘处机、窝阔台、耶律楚材等少数几个人知道。
丘处机练成长生丹以后，为了完成成吉思汗长生不老的心愿，更是为了天下黎民百姓免受屠戮的苦难，决定将长生丹送给成吉思汗，并且以修炼内丹心法为由，劝诫成吉思汗好生止杀，积德行善。
但是，将长生丹赠予他人，会不会被神灵怪罪，丘处机难以揣测，于是决定长生丹的秘密只能在这密室中告知，如此丘处机就发了一封密函，邀成吉思汗来长春观相会。
丘处机见自己服下长生丹药以后，样貌愈来愈年轻，唯恐今后别人生疑；而且自己知道成吉思汗的地宫宝藏秘密，在如此巨大的财富面前，自己作为外人，如若继续抛头露面，会不会引起成吉思汗戒心。丘处机思前想后，决定对外谎称已经羽化升仙，暗地隐居起来，这秘密只有弟子宋道安和尹志平知道。
宋道安被任命为继任掌教，为丘处机办完超度道场后，负责打理观中事物。将后花园列为观中禁地，只有宋道安和尹志平可以出入，丘处机就在这后花园中饮食起居，打坐修炼，等待着成吉思汗的到来。
原以为成吉思汗军务繁忙，要过些时日才能到来，但没成想，成吉思汗竟出此意外，这么快就来了长春观。不由得后悔自己没有早点劝诫成吉思汗放下屠刀，来与他修炼内丹心法。
丘处机今日领着成吉思汗进入地下密室，将所有秘密和盘托出，听得成吉思汗浑身是汗，震惊无比。一下了解了这么多秘密，让成吉思汗一时难以缓过神来。
时间一晃已过了三炷香的功夫，石门都已开关过几次。原来这密室为了避开神仙耳目，密封性非常好，关起门来，几乎连空气都无法流通。所以，丘处机在密室中点燃一炷檀香，如果密室中氧气不足的时候，香头就会忽明忽暗，人也会感觉呼吸不畅，就会立即将房门打开，通风换气。