江陵，刘裕下令先行将粮草、辎重运往当阳城，等明日从夏口送来的粮食到达后便起军北上襄阳。
刘穆之从京中寄来的信告诉刘裕，诸葛长民心存叛意，要加以提防。刘裕思虑再三，决定加快北征的步伐，先行夺取襄阳后再来处置诸葛长民。
得知刘裕军令后，宁朔将军臧熹不解地问道：“太尉，为何不先安稳后方再图襄阳，岂不怕舍本逐末。”
妻子臧爱亲逝后，刘裕对妻子的两个兄弟甚至厚待，大弟臧焘是通直散骑侍郎、太尉谘议参军；臧熹是宁朔将军。
“诸葛长民不过是疥癣之疾，京中有道和在，京口有道怜，还有怀肃、檀韶相帮，诸葛长民翻不起风浪。”刘裕道：“而杨安玄不同，一旦让他平定大秦，得到秦国举国之财，还有数万战马、铠甲，这些归在其囊中，愚将来以何相抗。”
正当刘裕厉兵秣马准备之际，北冀州刺史刘敬宣送来的一封密信让他不得不打消了北征的念头。
刘敬宣在信中寄来了诸葛长民写给他的信，诸葛长民的信写道：刘毅狠戾专恣，自取夷灭。异端将尽，天下将平，富贵之事，相与共之。
刘裕冷汗直冒，诸葛长民的信虽然没把话挑明，但言下之意是想与刘敬宣共享富贵，共同对付自己了。
刘敬宣对信中把自己回复诸葛长民的内容也告诉了刘裕：下官自义熙以来，任三州七郡，常惧福过灾生，思避盈居损，富贵之旨，非所敢当。
刘裕笑道：“万寿不负我。”
刘穆之的信接踵而至，禀报诸葛长民在京中控制兵权，派其弟诸葛黎明驻石头城，诸葛幼民驻新亭，族弟宁朔将军诸葛秀之兼领左卫将军，诸葛叔度转任豫州司马……
刘裕仰天叹道：“看来老天在帮杨安玄，不让愚出兵北征。”
将四万兵马分成四部，檀道济、臧熹、沈林子、檀祇等人率两万兵马驻荆州；虞丘进、刘钟率五千兵马驻夏口；荐王仲德为江州刺史，与宁逆将军刘遵考率五千兵马守江州浔阳，自己带了沈田子领着剩下的一万兵马回归建康。
诸葛长民得知刘裕返京，惊疑不定，他写信给北冀州刺史刘敬宣，收到的回复让他大失所望，“非所敢当”，刘敬宣不肯同他一起反抗刘裕。
孤掌难鸣，想起刘裕的赫赫战功，诸葛长民不敢轻举妄动，吩咐诸葛黎民等人不可异动，期盼刘裕没有察觉到自己的心思，退一万步想，自己并未真正举兵反叛，刘裕顾及声名，总不好对自己下死手吧。即使是免官为民，这些年捞取的财物也足以让族人富贵数辈，就做个安闲的富家翁好了。
算好刘裕归期，诸葛长民每日不辞辛劳带了京中文武前往新亭迎接，可是一连三天只看到运送辎重的船只到来，询问船上兵丁，称刘太尉尚在江州布防。
三月十六日晚，刘裕乘快艇入查浦口入西州城。诸葛长民闻讯大惊，忙连夜前往太尉府求见。
刘裕命丁旿暗伏在帐后，亲到大堂相迎，两人携手入内。刘裕屏退众人，与诸葛长民饮酒说笑，谈及当年往事，两人笑声不断。
就在诸葛长民放松警惕，饮酒半酣之季，丁旿自帐后潜出，用胳膊勒住诸葛长民的脖项，将其拉(勒)杀。
刘裕下令，将诸葛长民的尸体送往廷尉定罪，紧接着派丁旿、沈田子等人率军抓拿诸葛黎民等党羽。
诸葛黎民闻讯，力战身死；诸葛幼民逃往山中，数日后被人告发斩杀，堂弟诸葛秀之一同被斩；诸葛叔度原是太尉府参军，得刘裕信任，远在历阳没有参加诸葛长民叛逆之事，刘裕未追究其责，将诸葛叔度调往北冀州。
建康城中刘裕忙着安抚民心、整顿朝堂，长安城外也到了紧要的关头。姚泓命蓝田守军回援长安，姚讚奉命率两万兵马撤回长安城。
蓝田城守军不足万人，辅国将军尹宏不得不撤守城池，放弃营寨。尹宏对太子软禁姚弼，清除姚弼一党甚为不满，在他有意地放纵下，太子姚泓率两万精锐被五千晋军击败，仅逃回去百余人的消息传得沸沸扬扬，秦军将士疾呼请广平公姚弼出来领军作战。
蓝田将士的呼声传不进长安城，姚泓已经将长安经营得水泄不通，姚弼暗中派人想潜出府邸相联络亲信，向天子姚兴诉情，都被守府的将士抓住投入牢中。
显阳殿，姚兴病卧寝宫，大殿四周的内侍、守卫都换成了姚泓的亲信。黄门侍郎眼见姚兴不起，姚泓掌控朝堂，自然不肯为了将死的天子得罪即将继位的太子，姚兴偶尔清醒询问的消息也是太子与广平公和睦，兄弟齐心共御外敌。
王镇恶大获前胜后，返师回转郑城，再次致信秦陈留公姚洸劝其归降。有鸿门逃兵带来太子姚泓鸿门全军覆没的消息，姚洸惊得神魂恍惚。
太子姚泓统率的可是两万秦军精锐，尚且被五千晋军燃得片甲不留，郑县城中万余人，困守孤城如何能抵御那“天火”。
赵玄战败，秦军收拾尸体焚化，姚禹站在城头看着数千将士在火焰中化为灰灰，那场景不时地出现在脑海中，闭上眼便见赵玄睁着眼找他索命。
得知两万秦军被烧死，姚禹魂不附体，生恐自己也化成一团焦炭灰烬。王镇恶致书招降，姚禹力劝姚洸归降保全性命，阎恢、杨虔等人纷纷开口劝说，姚洸决定献郑城投降。
越骑校尉阎生苦劝无果，趁夜率所部三千人马打开西城门逃往长安。王镇恶派鲁轨追杀，斩千人而回，将尸体运至郑县城下示众。
姚洸再无战意，献关投降。王镇恶进驻郑城，派鲁轨、周超等人分别押送秦军降兵回弘农，暗中叮嘱鲁轨等人于定城、潼关等人杀俘。
秦军降兵八千余人，只有姚洸、姚禹等千余人到达弘农。弘农主簿杨胜(杨广长子)接到王镇恶的密信，留姚洸在弘农城，将姚禹、杨虔等人打散分置在黾池、新安、宜阳各处居住，暗中派人监视其行止。
杨安玄得知王镇恶取郑城，下令对蓝田城发动进攻。这些日新赶制出不少投石车，石块如雨般向城头砸去，秦军张悬在城头的皮幔很快就被飞石砸和是零落不堪。
城中有不少兵丁是从峣关逃回，从他们嘴中得知晋军有炸塌峣关城墙的利器，秦军士气低至极点，各种谣言四起。
尹宏带了亲兵携盾日夜巡守城墙，替将士们鼓劲打气，什么“忠君报国”、“保国护家”的话流水般地说出，可是怎抵得过“石头雨”下个不停。
三月十九日，长安运送粮食的粮车被劫，城中粮食仅够五日之需，城中士气已然濒临崩溃，一天之中发生多起将士互殴的事件。