三月二十二日，琅琊王司马德文以天子名义下诏，废除元兴年号，恢复年号隆安，派侍中前往新亭劳军，名义上承认了桓玄清君侧的胜利。
在祠部官员的引领下，鼓乐声中桓玄乘坐画轮车前往京城，身旁旌旗飘摆，刀枪耀日。
车队从宣阳门前往大司马门，御道两旁官吏、百姓拜伏于地，桓玄感慨万分，阔别京城十年，他终于以胜利者的身份重新踏上御街。
太元十六年秋，司马道子酒醉训斥“桓温来欲作贼,如何”，让桓玄惊恐不安，今日司马氏的存亡操于己手，何等快意。父亲当年未竟的事业，自当承之。
太极殿前下车，桓玄整理衣衫，在侍中的引领下不急不缓地迈步走进东堂。
天子司马德宗坐在高座上，木然地看着恒玄拜倒向他施礼，不发一语。身旁的琅琊王司马德文替天子应道：“南郡公免礼。”
桓玄起身，毫不客气地望了司马德宗一眼，早就听闻天子愚笨，不会说话，便连冷暖都不知，这样的笨蛋为一国之君，朝庭焉能不败。
看着朝臣们纷纷向自己揖礼，桓玄仿佛看到了当年父亲桓玄站在朝堂之上，群臣俯首，一呼百诺。
礼毕，桓玄开始以天子名义下诏，第一道诏令，为荆州军正名，把战起的罪责归于司马元显。
诏曰：“义旗云集，罪在元显。太傅已别有教，其解严息甲，以副义心。”
解严是宣告结事结束，息甲则是让六军缴械，听候荆州军发落。
紧接着第二道揽权，桓玄加封自己总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左右长史、司马、从事中郎四人，甲仗二百人上殿。
总百揆，总揽朝政，掌管百官及天下各种政务，权臣篡三步，总百揆、剑履上殿入朝不趋赞拜不名、加疏礼然后禅让。
众臣瞠目，桓玄的野心暴露无疑，只是荆州兵马控制着京城内外，谁敢发声反对。
桓玄很满意朝臣们的反映，看来自己的威望足够，王谢两家子弟亦不敢作声。
接下来是把控朝堂，桓玄以总百揆的身份宣布，任命桓谦为尚书左仆射、中军将军，参掌尚书省，掌京中六军；桓石绥任黄门郎、左卫将军，守卫宫城；卞范之为建武将军、丹阳尹，负责京城四周军事事宜；王谧为中书令，领军将军、吏部尚书，执掌尚书省和百官选任。
王谧是王导曾孙，生父王劭，过继给伯父王协，与王珣是堂兄弟，王珣之父王洽与王劭等人是兄弟。
王谧为人圆滑，左右逢源，与皇族、各大门阀的关系都很密切。
桓玄之所以看重他，除了王谧出身琅琊王家，身份高贵外，便是看重王谧善长与人打交道，可替他缓和与世族之间的关系。
刘裕当年被刁逵绑于树上鞭打，便是王谧解救，王谧算是慧眼识人。
朝堂换成自己的亲信把持，方镇当然也要换上自己的亲信。
桓玄自领扬州牧；其兄桓伟进安西将军、由江州刺史改任荆州刺史，兼领南蛮校尉。
此次进攻建康，桓石生多次传递消息，居功甚伟，桓玄封他前将军、江州刺史。
桓修进右将军、都督六州诸军事、兼任徐兖二州刺史，许诺给刘牢之的青兖刺史成了空话。
雍州为杨安玄所夺，桓玄当然不会罢休，任冯该为雍州刺史，夺回襄阳。
朝庭授杨安玄为雍州刺史，都督雍、梁、宁、益四州军事，成为了桓玄的心病，宁、益两州毛家经营多年，又在偏隅，一时难以动摇，桓玄决定换掉梁州刺史郭铨。
此次进攻建康，苻宏劝降杨秋，表现出对自己的忠心，桓玄将苻宏封为梁州刺史，让他配合冯该对雍州进攻。至于郭铨，桓玄决定调他返京，任前将军。
豫州刺史、谯王司马尚之兵败后逃往涂中，被人告发被擒，正押往京中。桓玄没有安排豫州刺史的人选，准备留与刘牢之。
里里外外安排妥当，天色已经不早，桓玄有些疲乏，准备前去休息。
桓玄在京中并无住所，居于宫中于理不合，京中最好的宅院莫过于乌衣巷，桓玄看到谢混笑道：“望蔡县公，愚有意暂借在谢太尉宅中，不知可妥。”
谢混淡然应道：“召伯之仁，犹惠及甘棠；文靖之德，更不保五亩之宅邪？”
桓玄脸色一变，面露惭色。
卞范之连忙缓和道：“东府是丞相办公之所，主公即任丞相，何不就在东府住下。”
桓玄顺坡下驴，道：“善。”
接下来几天桓玄很忙，京中门阀纷纷前来示好，亲朋故旧自然要前来跑官要官。
新安太守殷仲文，原南蛮殷觊之弟，殷仲堪的堂弟，是桓玄的姐夫，因桓玄受朝庭猜忌，贬为新安太守。
得知桓玄入主建康，殷仲文当即命人备车，弃了新安太守之职，前来京城投奔桓玄，桓玄命其为咨议参军。
桓玄感觉畅快无比，朝堂之上无人敢出反对之言，一应朝政皆由他他说了算，恨不能在东堂之上疾呼“大丈夫当如是”。
桓玄的荆州兵马接管了京城，北府军北府军在刘牢之的率领下并未进京，而是退守冽洲，等候桓玄兑现封赏的诺言。
刘衷得知桓玄进京，带着豫州水师千余人出长江口，驻扎在一处海岛。
当初杨安玄剿灭逐水雁，让接任的刘衷查找逐水雁的暗巢，功夫不负有心人，真让刘衷找到了这座孤岛。
岛上有淡水，许宏在岛上还积存了不少粮食物资，刘衷便将此岛辟为基地，率舰出海时会来此补给。
眼见京城被自己牢牢把控，桓玄开始“快意恩仇”，举起清算的屠刀。
首先要杀的当然是司马道子父子，司马元显的罪状很好罗列，“骄奢狂纵，残害忠良，任用奸邪”等等，与其六子被判弃市。
倒是会稽王司马道子的罪名难安，桓玄记恨当年之仇，以“贪婪骄恣、宠昵群小、酗酒、纵子不孝”等罪名上疏，建议将司马道子弃市。
司马道子与京中门阀交情深厚，常常在一起宴饮悠游谈玄，京中士族都以为处罚太重，朝议时否决了桓玄的建议。
桓玄初掌建康，亦不敢太过违逆门阀的意愿，毕竟朝堂上的众人彼此之间非亲即故。
互相妥协，最后以天子名义下诏，流放司马道子江州安成郡。
说来可悲，司马道子身为会稽王，曾任太傅、丞相、司徒、扬州刺史等要职，主政多年，被押送至延尉时，满朝文武居然无一人相送。