马万军这边胜利的消息传道京城的时候，马灭虏和太子这边，遇到了很大的阻力。
首先是以徐国公为首的南京各部的官员很排斥他们的到来，甚至去调研的时候，还推三阻四。
徐国公尽管表现的很殷勤，但是掩饰不住他犯下的种种错误。
马灭虏对这种制度非常的不满意，为什么要搞两套班子？造成财务浪费，脱离中央管制。
他们两个商量以后，首先带兵控制了南京的军营，所有反抗的全部被剿灭，一夜之间就清洗了两万多人。
负责南京防务的徐国公全家被圈禁，调查完军营的舞弊，以及徐国公这些年的不作为，立即上书崇祯皇帝，要求重判。
徐国公如果不杀了他，也要把他们全家流放到漠西蒙古，所有的家产、商铺全部查抄。
南直隶，所有的官员人人自危，有几个老家伙还义正言辞的训斥马灭虏和太子，恼羞成怒的太子立即进行了清洗，有暗卫的调查报告，一查一个准。
南直隶的官员被革职查办、杀头抄家的有一半人，另外一半比较正直一点的也全部迁徙到京城，准备支援西疆和北疆，取消南直隶的六个部门，三个月的时间才把南直隶给理顺。
徐国公念其祖上有功，迁徙到漠北居住，一共一千多口人全部都被押送前往漠北。
南直隶这些犯官和家人也全部迁徙到漠西居住，整个江南人人自危，崇祯派史可法任南直隶的巡抚，命令太子和马灭虏返回京城。
太子和马灭虏虽然没有完全尽全功，但是给所有的贪官污吏敲响了警钟。
马灭虏和太子与史可法深谈之后，给他留了四千军队，然后他们才返回京城。
回到京城之后，两个人被崇祯骂的狗血喷头，说他们太过于急躁，不应该这么任性妄为，并且说如果江南的官员反叛，怎么办？
太子说：“我准备带领五万大军开始每个省清查土地，清除贪污官员，不管是谁？一律斩杀，大明不能再这样下去了，必须要拿出一个条款，一个制度，如果不然会受到更大的拖累。
这些人每个都富的流油，徐国公查操的银子就不止千万两。
其他人最低的也是百万，可想而知，这帮人从来没有以国家为重国。”
崇祯不同意，让两个人回府反思，此刻，史可法刚柔并济，慢慢的把江南给稳定住了。
皇后看见皇上，这么忧心忡忡，劝解道：“这个江山早晚要交给太子，虽然他们做的有点激进，但是这些所谓的东林党人，哪一个是清官？哪一个没有贪污、没有搜刮民脂民膏？”
崇祯说道：“这么激进不行，会造成全国的动乱，而且很可能会有造反。”
皇后说：“镇南王不是已经打胜仗了吗？让他带领五万人马回到京城，主持各地的清查行动，让太子和马灭虏辅助。
我们可以不太着急，先从京师一步一步的向南清查，三年能结束不就行了吗？
有几万大军跟着任何一个人都不会乱，有这些百战军队，我相信攻打他们还是没问题的。
不改革肯定不行，太快了也不行，现在辽东不用改革，漠北不用，漠西、包括西域都不用改革。
从京师，山西，陕西，甘肃，河北，河南，山东这些长江以北的地方，先进行清查。
把这些稳固了，土地清查了，官员体制改革了，那么我们就可以安枕无忧了。
再等江南全部清查完，整个大明就可以安定下来。实现中兴还是没有问题的。”
崇祯说：“就怕那些勋贵不同意。”
皇后说：“命令部队接手五城兵马司，命人管控锦衣卫和禁军，把南北大营也接管了，京城内所有的官员都不准乱动。
我就不相信他们敢公开的造反。”
崇祯沮丧的说：“我在十几年这么拼命，竟然没有培养出一个清官出来。”
皇后说：“不要太介意，把擅长的事情交给擅长的人去做，你只管人也行。”
崇祯说道：“好吧，下旨让镇南王带兵回来。”
京城内的勋贵和文官人人人自危，勋贵们开始串联，本来想搞事情。
但是看到皇帝把太子和马灭虏禁足，于是他们就放心了，因为他们知道皇帝并不想让国内产生动乱。
但是他们没想到，一个月后，马万军的部队直接开进了京城，控制住了五城兵马司、禁军和锦衣卫，包围各个勋贵和大臣的府邸，宣布京城进行军管制。
而南北两个大营被太子和马灭虏带领着两万辽东军也进行了交接，马灭虏在南大营开始查账，查处所有不合格的人，包括不合格的兵，凡是贪污喝兵血的人，一律斩杀抄家。
然后重整队伍，让辽东军队安插到军队里，担任什长、百户和千户的位置，不断的淘汰老弱，迅速控制了南北两座大营。
这两个大营六七万人马全部掌握在皇家手里，勋贵们根本就不敢反抗，因为不反抗，很有可能和徐国公一样，还能有活命，如果敢反抗，不好意思，你可能会全家杀头。
暗卫早就把京城摸了个头，所以京城内的行动被封锁三天，所有的人敢去通风报信的，包括向南去的，一律抓住。
黄河、运河、长江全部被辽东的军舰所接管，向什么漕帮这些地方藏污纳垢的全部被消灭。
凡是投降的，全部送到西疆和北疆，给他们土地种子，让他们在那里生活。
京城的勋贵和大臣自发前往午门外叩见皇上，但是没用，崇祯皇帝这个时候根本不会管。
马万军早就拥有证据，所以哪怕是英国公也被削职为民，没收了一半财产，全家迁徙到西疆。
所有的勋贵和大臣，几乎都被抄家，然后情节严重的被杀头，家属也是被流放北疆。
情节不严重的全部免职，并且马万军讲的很明白，你们到西疆和北疆，只要把当地的百姓汉话、汉字全部教好，那你们的子孙后代还有可能返回故乡，否则你们就等着世世代代永远居住在北疆。绝对不允许再回来。
这些犯官和勋贵可都是文化人，他们尽管没有了自由，没有了官职，但是做一个教学先生还是没问题的。
当然，每个学堂都会有暗卫和锦衣卫的人去看着，还有当地的官员也会派人掺杂在里面，只要有言行过激，或者是有别有用心的言论，立即斩杀。
京城内上千家，两万多人口被四万多马车陆陆续续拉了几个月，分布到整个北疆、西疆那里。