中和三年，公元883年三月，唐朝廷任名朱温为汴州刺史、宣武军节度使，要求朱温加紧与各路唐军围攻长安。
四月，唐诸镇兵从四面八方会集京师。
李克用与河中、忠武镇将率先出战。
黄巢率大军在渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，黄巢军顿时大败。
四月十四日，李克用军攻入长安，黄巢力战不胜，连夜撤离长安。
这时，黄巢尚有十五万人马。他扬言奔徐州，实际上却经蓝田关进入了商山。
黄巢军在撤退中，把辎重珍货遗弃于道路，官军在长安大肆抢掠之后，又在路上争先拾取财物，不再追击，使得黄巢军"得整军而去"。
五月，黄巢骁将孟楷率万人奔袭蔡州，唐节度使秦宗权迎战败北，遂归顺了起义军。孟楷又进攻陈州，陈州刺史赵犨早有防备，乘机袭杀了孟楷。
六月，黄巢与秦宗权合兵围攻陈州，"掘堑五重，百道攻之"。
黄巢还在州城北"立宫室百司，为持久之计"。
在黄巢围攻陈州时，唐廷不断调动军队，以围剿起义军。
七月，朱温加封东面招讨使。
九月，唐僖宗命感化军节度使时溥为东面兵马都统。
十二月，陈州被围困日久，即向邻道求救。
于是，忠武镇周岌与时溥、朱温等皆率兵前来救援 。
中和四年，公元884年正月，周岌等诸路救兵被黄巢军打败，不得不向河东节度使李克用求救。
二月，李克用率蕃、汉兵五万人前去增援。
黄巢围攻陈州数百天，却始终未能攻克。
这时李克用会同许、汴、徐、兖等州军马向陈州进发，先击败了驻守陈州北的太康尚让军，又击败了陈州西的西华黄邺军，于是，黄巢只得从陈州周围撤军，退至陈州北的故阳里。
陈州的未攻破，意味着起义军已经处在了四面楚歌之中了，失败是显而易见的事了。
五月，连日大雨，平地水深三尺，黄巢军营被水所漂，又听说李克用大军将至，真是屋漏更遭连夜雨，当下只得奔向汴州。
当黄巢军从中牟北汴河王满渡口渡河时，李克用乘势袭击，起义军大败，死伤万余人。
黄巢手下将领尚让率其部下，投降了时溥；别将李谠等人投降了朱温。
起义军损失惨重，黄巢率残兵败将向东北逃去，李克用又追杀到封丘。
这时又遇大雨，黄巢只收集了散兵近千人，当下冒雨东奔兖州。
此时的黄巢，已然成了强弩之末了别说抵挡唐军，能逃跑得了，都算是厉害了
六月十五日，武宁将李师悦与尚让追至瑕丘，黄巢与唐军"殊死战，其众殆尽"。
这一战，把黄巢唯一的老本战尽，当下只得与他的外甥林言逃走至泰山狼虎谷的襄王村。
此时的黄巢，完全是易经中说的“蹇”卦了，所谓蹇，就是艰难，而艰难的原因，就是“其道穷也”。
一个人，到了道穷了，霉运就跟着出现。
黄巢的外甥林言，看见黄巢大势已去，当下"惧追至并命"，于是，乘机杀了黄巢及其兄弟妻子。
黄巢，从他落第后的意气风发，到如今穷途末路，死于外甥之手，这一切，只因为黄巢没有把握住大好的形势。
唐朝要灭亡，这是大势所趋，所以，黄巢完全有可能当稳皇帝，成为一代开国之君的。但是，他有两点做错了，一是让士兵大肆劫掠，使得黄巢军失去了民望；二是没有获得藩镇的的支持。这两点，使得黄巢虽然势大，但是，难以为继，只能落得失败的结局。
当高声吟唱“我花开后百花杀”的黄巢，那是令人动容的黄巢；当挥剑站在长安城上，豪情万丈，要求士兵对百姓秋毫无犯的黄巢，那是令人敬仰的黄巢。可惜，身死外甥之手的黄巢，成了令人厌恶和痛恨的魔头了这一刻的黄巢，是死有余辜的黄巢了
诗经说“靡不有初，鲜克有终”，黄巢，进入长安的黄巢，早已忘记了初心不忘初心，方得始终这话，不是只是句口号，而是真理任何忘记初心的人，都会走向膨胀，最终走向失败
林言杀了舅舅黄巢后，也没有好的下场。
他拿着黄巢等人首级向时溥献功，哪里知道在路上却遇到沙陀博野军，他们杀了林言，将林言及黄巢等人首级一并献于时溥。
林言，真是为他人作嫁衣裳
匹夫无罪，怀璧其罪
这话，难道林言不知道吗他怀里有黄巢的人头，注定了他悲剧下场因为，黄巢的人头这么值钱，岂是他可以拿去请功的
黄巢死后，他的从子黄皓率残部流窜，号"浪荡军"。
天复初年，他进攻湖南时，为湘阴土豪邓进思所伏杀。
至此，唐末农民起义结束。
中和四年，公元884年，秋七月，唐僖宗回到了长安，在大玄楼举行受俘仪式。
武宁节度使时溥献上黄巢首级，另有黄巢姬妾二三十人。
唐僖宗问她们说："你们都是显贵人家的子女，世代蒙受国家的恩惠，为什么从贼"
居首的女子回答说:"贼寇逞凶叛逆，国家以百万，不守宗庙，播升任巴郡、蜀郡;如今陛下以抵抗不住贼责备一个女人，将置公卿大臣将帅于何地啊"
唐僖宗不复问，皆戮之于市。
临刑前，执法人员可怜这些妇女，让她们喝醉后再行刑，女孩们边哭边喝，不久在醉卧中受死，独居首的女子不哭亦不醉，从容就死。
唐僖宗以为收复了长安，击败了黄巢作乱，国家将安定，却不知道，更大的危害紧接而来。
唐僖宗如今所面对的形势，不是太监掌权，不是百姓作乱，而是为了消灭农民起义，让藩镇势力更大而带来的危害。
藩镇的势力，在安史之乱后，本就大了起来；如今，在黄巢之乱，彻底地强大，中央根本无法对抗。唐朝的灭亡，也成了时间问题了