李旦做了皇帝后，追复故太子李重俊位号，平反了敬晖、桓彦范、崔玄暐、张柬之、袁恕己、成王李行里、李多祚等人的罪，复其官爵。然后，任用宋璟为吏部尚书、同中书门下三品；岑羲罢为右散骑常侍，兼刑部尚书。宋璟与姚元之同心协力，共同改革唐中宗的弊政，进忠良，退不肖，赏罚尽公，请托不行，纳纪修举，翕然有贞观、永徽之风。
这时，政治上的争斗，开始转变为太平公主与太子李隆基的争斗了。
太平公主在兵变中立下大功，权势地位更加显赫重要。
李旦经常同她商量朝廷的大政方针，每次她入朝奏事，都要和李旦坐在一起谈上一段时间；有时她没去上朝谒见，李旦会派宰相到她的家中征求她对某些问题的处理意见。
每当宰相们奏事的时候，李旦就要询问：“这件事曾经与太平公主商量过吗”接下来还要问道：“与三郎商量过吗”在得到宰相们肯定的答复之后，李旦才会对宰相们的意见表示同意。
三郎，指的是皇太子李隆基。
可见，太平公主的权势是多么的大，也可见李旦对李隆基的重视。
太平公主想干的事，李旦没有不同意的，朝中文武百官自宰相以下，或升迁或降免，全在她的一句话，其余经过她的举荐而平步青云担任要职的士人更是不可胜数。
由于太平公主的权势甚至超过了李旦皇帝，所以对她趋炎附势的人数不胜数。
太平公主的儿子薛崇行、薛崇敏、薛崇简三人都受封为王。
太平公主的田产园林遍布于长安城郊外各地，她家在收买或制造各种珍宝器物时，足迹远至岭表及巴蜀地区，为她运送这类物品的人不绝于路。
她在日常衣食住行的各个方面，也处处模仿宫廷的排场。
李旦之所以那么倚重太平公主，除了她兵变有功之外，还有一点，那就是他是个很重感情的人，很爱她的这位妹妹。
太平公主在兵变前，认为太子李隆基还很年轻，因而并未把太子放在心上；兵变之后，才知道李隆基是个可怕的人，她惧怕太子的英明威武，转而想要改立一位昏庸懦弱的人作太子，以便使她自己能长期保住现有的权势和地位。
太平公主使出第一招，那就是散布流言，声称“太子并非皇帝的嫡长子，因此不应当被立为太子。”
公元710年己亥，李旦颁下制书，晓谕和警告天下臣民，平息各种流言蜚语。
太平公主这一招失败，当下使出第二招派人监视李隆基的所作所为，然后禀报给李旦知道，哪怕一些细微之事也要报知李旦，让他对太子的缺点全方位掌握；此外，太平公主还在李隆基身边安插了很多耳目。
她的这个做法使得李隆基感到十分不安。
不久，太平公主使出第三招，那就是召回那些被李隆基贬斥的大臣，比如萧至忠这些人。
太平公主永远不会想到的是，她的这些做法，实际上是在作死
公元711年，太平公主同益州长史窦怀贞等结成朋党，想加害太子李隆基，便指使她的女婿邀请韦安石到自己的家中来，但韦安石坚决推辞，没有前往。
韦安石之所以坚决不去太平公主家里，是因为他坚决站在李隆基这一边
李旦秘密地召见韦安石，对他说：“听说朝廷文武百官全都倾心归附太子，您应当对此多加留意。”
韦安石回答说：“陛下从哪里听到这种亡国之言呢这一定是太平公主的主意太子为宗庙社稷立下了大功，而且一向仁慈明智，孝顺父母，友爱兄弟，这是天下人都知道的事实，希望陛下不要被谗言所迷惑。”
李旦听了之后，十分惊异地说：“朕明白了，您不要再提这件事了”
而太平公主正在帘子后面偷听他们君臣之间的谈话，她听了韦安石的话后，非常气愤，便散布各种流言蜚语，对韦安石横加陷害，想把他逮捕下狱严加审讯，多亏了郭元振的救助才得以幸免。
太平公主做事越来越过分，甚至还乘辇车在光范门内拦住宰相，暗示他们应当改立皇太子
当时在场的宰相们全都大惊失色
宋璟大声质问道：“太子为大唐社稷立下了莫大的功劳，是宗庙社稷的主人，公主为什么突然提出这样的建议呢”
太平公主之所以敢如此明目张胆，就是因为七位宰相里面，有五位是她的人
宋璟与姚元之秘密地向李旦进言道：“宋王李成器是陛下的嫡长子，豳王李守礼是高宗皇帝的长孙，太平公主在他俩与太子之间互相构陷，制造事端，将会使得东宫地位不稳。请陛下将宋王和豳王两人外放为刺史；免去岐王李隆范和薛王李隆业所担任的左、右羽林大将军职务，任命他们为太子左、右卫率以事奉太子；将太平公主与武攸暨安置到东都洛阳。”
李旦说：“朕现在已没有兄弟了，只有太平公主这一个妹妹，怎么可以将她远远地安置到东都去呢至于诸王则任凭你们安排。”于是先颁下制命说：“今后诸王、驸马一律不得统率禁军，现在任职的都必须改任其他官职。”
太平公主得知姚元之与宋璟的计谋之后勃然大怒，并以此责备李隆基。
李隆基感到害怕，便向李旦奏称姚元之和宋璟挑拨自己与姑母太平公主和兄长宋王李成器、豳王李守礼之间的关系，并请求对他们两人严加惩处。
李旦为了缓和太平公主和李隆基的关系，当下将姚元之贬为申州刺史，将宋璟贬为楚州刺史。至于宋王李成器和豳王李守礼被任命为刺史的事也停止执行。
太平公主出招这些多，却没有一次伤到李隆基，她不明白，形势是对她不利的，因为，李旦没有完全站在她这一边。
当时的势力而言，李旦占主要，太平公主和李隆基势均力敌，所以，李旦站哪一边非常重要他要是坚决站在太平公主这一边，李隆基必死无疑；反之，他站在李隆基这一边，太平公主也必死
不幸的是，李旦正是站在儿子那一边的
太平公主完全错估了形势，以为李旦会站在她这一边。她要是聪明一点的话，知道每次出招，来化解招数的人都是李旦，就知道该收敛了，因为这充分说明李旦是站在了李隆基那一边她还想着谋害李隆基，这不是作死吗