桓温废掉皇帝，虽然达到了自己的目的树立个人的绝对权威，但是，也令人侧目，一不小心，就是株连九族的结局。
前秦皇帝苻坚对桓温这种做法，非常的不以为然，他道：“桓温此前败于灞上，而今又败于枋头，十五年内两次使国家军队遭受重大打击。不但不反思过错，向百姓谢罪，竟还废黜君主。六十岁的老叟如此举动，如何自容于天下”
桓温大权在握，也觉得暗藏危险，当下对朝中的异己力量大加废徙。
武陵王司马晞好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾司马晞，免去司马晞与其子司马综、司马囗的官职，让他们返回封地。之后，桓温又逼新蔡王司马晃自首，称与司马晞、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人谋反，将他们收付廷尉，请予诛杀。
简文帝知道桓温污蔑人家，想排除异己，当下死活不同意。
桓温虽然没杀他们，最终还是把司马晞、司马晃废为庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。
颍川庾氏是高门望族，势力强盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆为朝中显贵，深为桓温所忌。庾倩、庾柔被诛后，庾蕴饮鸩自尽，庾希则与弟弟庾邈、儿子庾攸之逃入海陵陂泽。不过，他们最终也没能逃掉，庾希、庾邈、武遵以及他子侄、部众全被桓温斩于建康。
桓温诛除庾氏，威势极盛。
司马昱一看桓温手段这么残忍，担心着自己会不会被废掉，当下向郗超询问桓温是否会再行废立。
郗超以家族百口担保不会再发生政变，司马昱这才稍微安心。
他想出了一个可以让自己更安心的办法，就是召桓温进京做官，那样一来，桓温军队不在身边，想造反就没那么容易了当下进封桓温为丞相，想留他在京师辅政。
桓温哪里会不知道皇帝的心思当下辞让不受，径直率军返回白石，还镇姑孰。
司马昱又派侍中王坦之征召桓温，请其入朝辅政，并增食邑万户。
桓温再次不鸟皇帝。
咸安二年公元372年七月，司马昱对桓温彻底没办法，忧愤之下，病情加重，当下急召桓温回朝，并在一昼夜内连发四道诏书。
桓温仍推辞不肯入朝，怕被司马昱所害。
司马昱无奈之下，只得传下遗诏，让桓温摄政，效仿周公。
这是他为了保住司马氏的无奈之举，因为，不让桓温摄政的话，他有可能叛乱。
侍中王坦之却据理力争，说天下不是司马昱的天下，而是司马懿和司马睿的天下，不该擅自主张，让桓温摄政。
司马昱听了，同意将遗诏中的“摄政”改为“辅政”，依照诸葛亮、王导旧例。
不久，司马昱驾崩。
桓温原以为司马昱临死会禅位给自己，或让自己摄政，而今听闻只是辅政，大失所望，怨愤不已。
司马昱驾崩后，群臣惧于桓温，不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位，是为晋孝武帝。
宁康元年公元373年二月，桓温对于皇帝不是由他来立，非常不爽，当下带兵入朝，拜谒皇陵。
当时，京中流言四起，都说他此次入京是要诛除王谢、颠覆晋朝。
朝廷命谢安、王坦之率百官到新亭迎接，拜于道侧，朝中位望稍高者皆惊慌失措。
桓温此次入京，自然有他的目的了，只是他没有说出来，要不谋求摄政，要不再次废帝。只是，上天没有给他这个机会了，因为，他得病了。
桓温知道在京得病的危险，当下领兵回到姑孰了。
他回去之后，病渐沉重，但仍逼朝廷加其九锡之礼，并多次派人催促。
谢安、王坦之见桓温病重，当下想出了一个绝妙的法子拖
他们以袁宏所撰锡文不好为由，命其反复修改，借此拖延。
同年七月，桓温在姑孰病逝，终年六十二，至此锡文仍未完成。
桓温死后，将兵权交付弟弟桓冲，南郡公爵位则由幼子桓玄袭封。世子桓熙不服，于是与叔父桓秘、弟弟桓济谋杀桓冲，结果被桓冲发觉，都被流放长沙。
可见权力会带来极大的危害兄弟相残。
元兴二年公元403年十一月，桓玄代晋称帝，建立桓楚。他这一称帝，彻底导致了桓氏的覆灭。
其实，这一切都是桓温所导致的，他没有王导那样的忠义和胸怀，只想着篡位，也不分析清楚形势。当天下的人心没有归顺的时候，任何称帝的行为，都是把自己往火坑上推。
司马氏在当时虽然没有大得民心，但起码也没大失民心，至于桓氏，那是一点民心也没得到。
司马懿之所以要用几代人的努力才敢去篡位，那也是基于这样的考虑。
桓温自诩司马昭，也不想想人家司马昭对形势的掌握。司马昭废帝，立威而掌权，同时让天下的民心归顺，而桓温只会消除异己，残暴行事，已失民心，更令百官寒心。在这样的形势下，他的儿子去称帝，直接把自己往阎罗王那里送了
而他的儿子敢称帝，和桓温的野心行为是分不开的。
所以，晋书对桓温的评价是贬义，说他：废主以立威，杀人以逞欲，曾弗知宝命不可以求得，神器不可以力征。岂不悖哉岂不悖哉斯斧铖之所宜加，人神之所同弃
桓温的结局，真是人神之所同弃害人害己害家族，史书评他为逆贼，与王敦并列，真的如他所愿：不能流芳百世，当遗臭万年。
司马奕和司马昱虽然都折在桓温的手里，但是，这俩人都是厉害的人物。
厉害人物，不是能击败强大对手，就是厉害人物，而是，他在不是人家对手的时候，能够活出自己的智慧，这就算厉害人物了。
那么，司马奕和司马昱怎么个厉害法呢