王敦当上征南大将军，开府建牙，手握重兵，对不服自己的大臣，开始展开杀伐决断，根本不用经过皇帝。
陶侃是个有功劳的将领，但和王敦不是同一路人。于是，王敦便扣押陶侃，将他降为广州刺史，而任命王廙为宁远将军、荆州刺史。
而这个王廙在荆州的做法是，几乎杀光了陶侃的人，为的就是让荆州成为王敦的地盘。
这个做法，导致的结果是“士民怨怒，上下不安”。至于皇帝的话，那就更加怨怒和不安了
他知道，再让王敦这样无法无天下去，东晋也很快会灭亡的自己的帝位也会不保
于是，他把王廙免了，让自己的人去做荆州刺史。
王敦一看皇帝这样做，不知道皇帝的具体心思，要是就此要收拾自己，那自己啥也别说，抄起武器就反了；要是只是对王廙有意见，那自己还可以忍忍。于是，想出一个试探的招数，那就是上表辞职。
其中有些话，说得绵里藏针，敲山震虎，实则是在向皇帝示威。
他说他自己一家特受荣任，备兼权重，渥恩偏隆，宠过公族，就是走在路上的平头百姓，都觉得这样是不行的，我怎么能安心得到这些呢
这话的内在意思是，百姓们都觉得我权力大了，您皇帝还不更觉得我权力大吗还不想着废了我我没有办法了，只有辞职，“以塞群小觊觎之望。”
司马睿又不是傻子，哪里会不知道他的意思当下忙下诏不许，依然做原职。
他虽然不敢冒然得罪王敦，却也不是任由王敦胡作非为下去的傻子，他想出了对付王氏势力强大的办法，那就是：提拔自己人，挤掉王氏于是，任命刘隗、刁协、戴渊用事，周顗为尚书左仆射，将领方面，开始重用刘琨、祖逖。目的，自然就是为了疏间王氏。
这一下，连王导也躺着中枪。不过，王导心内虽不平，脸上却装作没事，心里也没想着推翻司马睿，而是用平常人最难接受的法子忍。
王敦见皇帝使出这一招，他再次出招上疏皇帝。
其中无非说我虽然没什么能力，但是，我弟弟王导的能力是有目共睹的，对皇帝也尽心尽力，应该让他掌管权力，而不该给一些没能力的人。
他这一上书，实际上是直接在挑战皇帝的威严了
因为，身为皇帝，他要用什么人，用得着王敦你一个属下来指指点点吗
王导一看，这是把我往火炕上推啊，当下“封以还敦”，就是退回去给他。
王敦再次表奏皇帝。
司马睿之前和王敦貌合神离，至此，和王敦，那就是貌不合神也离了
王敦这时候也不装了，每次喝完酒，就高声唱曹操的乐府歌："老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。"还用如意打唾壶为节奏，打得壶边尽缺。
后来有个成语，叫做击缺唾壶，就是从这里而来，形容艺术的精彩。
司马睿和王敦的决裂，就等着最后一根稻草了。
这根稻草很快就出现了。
湘州刺史甘卓要迁回梁州，王敦便想要自己人陈颁代替甘卓的位置。
哪里知道，司马睿一点面子不给，直接任命谯王承去湘州任职。
王敦一看，这是彻底不信任我了当下上表陈古今忠臣被皇帝怀疑，都是苍蝇小人在搞鬼，想要用这个来感动皇帝。
皇帝一看，冷笑一声：你是忠臣别人是小人依朕看，你是小人，别人是君子老子不远离你，还远离谁
当下以刘隗为镇北将军，戴若思为征西将军，发动扬州奴为兵，对外说是去讨伐胡人，实际上就是防备王敦
王敦一看，皇帝要动武了，他再不动武，就要被人动了当下做出决策：反他娘了
永昌元年公元322年，王敦率众造反，以诛杀刘隗为名，上疏数刘隗罪名，说刘隗邪佞谄媚，谮毁忠良，疑惑圣听，遂居权宠，挠乱天机，威福自由，有识杜口。同时达到了“使三军之士莫不怨愤”，实际上，就是王敦他自己怨愤。又说他现在进军，就是为了讨伐奸孽，希望皇上深垂省察，斩了刘隗的脑袋，这样就能压服大家，皇祚再次兴隆。然后把刘隗的脑袋高高悬挂，我所有的军队就会退回去
这当然是王敦造反的借口，因为，一个人敢造反了，就不会因为杀了哪个大臣而退回去
造反，从来没有退路
要不，为王，要不，为死人
王敦的同党沈充也忙起兵响应王敦。
王敦兵马到了芜湖，觉得单单说刘隗的罪还不爽，必须还得搭上刁协于是，再次上表，数落刁协的种种大罪
司马睿看了大怒，下诏："王敦凭恃宠灵，敢肆狂逆，方朕太甲，欲见幽囚。是可忍也，孰不可忍也今亲率六军，以诛大逆，有杀敦者，封五千户侯。"同时召戴若思、刘隗会师京师，和王敦决一死战
王敦的哥哥王含为光禄勋，一看弟弟反叛了，自己在京师哪里有活路赶紧投奔王敦去了。
王敦的人马快到石头城，想要先去攻打刘隗，因为当初举兵的目的就是为了杀刘隗，总不能到了京师，不先去杀他吧
他手下的将领杜弘有见识，提出建议说："刘隗死士很多，不容易攻打不如先攻石头城。石头城守将周札平时很少施恩惠，士兵们不为他所用，攻打他，他必败。而周札失败，那么，刘隗就会自己逃跑了"
王敦听了，觉得有道理，便攻打石头城。结果周札果然抵挡不住，打开城门投降了。
其他将领和王敦作战，也都败绩。
王敦昂然进入石头城，拥兵不朝，放任兵士劫掠内外。
朝廷中的百官登时四处奔散，连皇帝都没人管了
司马睿一看，知道没办法逃跑了，当下脱下戎衣，穿起朝服，让人稍话给王敦说："你想要做皇帝，早说啊我回去琅邪，给你做就是了，何必让百姓遭难如此"
他说这话，已经丧气到了极点。