一个女子的幻象呈现于飞船控制舱，自称女娲，要求与全体船员对话。
夸父号的防御设施很完善，既能抵抗相当程度的物理性打击，也能屏蔽电磁场侵扰，按理说外来信号不可能随便进入飞船的内部。
女娲接下来的话令众人更吃惊，她说，巫斩旗的所作所为一大半是受盖亚蛊惑，包括一千多年前地球先遣队的内乱也因盖亚而产生。盖亚是“真理之眼”。
真理运算者是集体意识，整个种族只有一个个体，主脑盘踞于宇宙中某个未知的所在，从来没人见识过真容。在星系间到处活动的，是真理运算者的分身。其中机器虫群最常见，负责收集物质和能量，或者同星际联盟战斗，叫做“真理之触”。
一些复杂的任务需要组织指挥，临场应变，机器虫群的简单智能难以胜任。于是“真理之眼”登场，它是真理运算者的高级分身，运算能力超级了得。据星际联盟科学家的不可靠推测，真理之眼与真理运算者主脑的结构基本一致，只是少了独立自主的意识，以便任务完成后回归主脑，防止其叛变演化成另一个真理运算者。
船员们听闻中州星上存在着真理之眼，皆生畏惧。真理之眼的实力足以摧毁智慧种族的一整支舰队，小小夸父号形同蝼蚁。
女娲道出千年前旧事的来龙去脉。
中州星是真理运算者的一个实验基地，真理之眼在此观察进程。一千多年前，地球先遣队传送到中州星，给实验带来意外的变数。一开始真理之眼抱观望态度，当传送进行到第七次时，计算结果表明中州星系统难以承受更多的外部影响，它就封堵异空间通道，使地球那边停止传送。
地球人的到来催生大量随机因子，实验系统嬗变，真理之眼竟然萌发了自我意识。它希望摆脱母脑的控制，成为独立的个体。真理之眼对地球文化十分着迷，给自己起名为“盖亚”，寓意生命之起源。
对盖亚而言，在自身足够强大前，须避免母脑发觉中州星出了乱子。
真理运算者势力庞大，计划宏伟，每时每刻在进行各种活动，中州星实验只是千千万万中的一个，不会引来特别的注意。真理运算者有一套观测网络，监视宇宙中的随机因子涨落，一旦超出阈值，便派机器虫群收集情报，判断有无亲自介入的必要。
盖亚觉醒是最大的随机事件，如不掩盖，铁定招来母脑。
另外，机器虫群在各星域按时巡逻，以中州时间计算每隔一千二百年左右路过这个恒星系，顺道来中州星走一趟，所以还要想办法欺骗或消灭机器虫群。
真理之眼能够操控能量、转化物质，但不能制造过于精细的东西，后者属于机器虫群的工作。中州星上没有机器虫群，盖亚只好拉拢地球先遣队帮忙。
盖亚同地球先遣队接触，宣称自己是某智慧种族的飞船主控计算机，误坠于中州星，船员尽皆丧命。它展示神奇的本领，传授一部分高科技。地球先遣队依此制造出先进的设施，轻易在新的行星扎根。
这样一来，地球人感激盖亚，信任度激增。
地球先遣队安定下后，开始深入研究行星的方方面面，发现中州生物的基因和地球生物极像，仅仅在某一组染色体上多出几百个碱基对，人类也一样。
这违背生物学常识，怎可能星球上的所有生物进化出同一个基因片段。
继续研究那几百个碱基对，毫无进展，看不出它们表达什么性状，以及是否有效基因。
地球先遣队做了大量实验，制造出许多变异兽。
后来，盖亚透露改变成年人基因的方法，有的大胆科学家拿自己做实验，接入那几百个碱基对。结果，变异人产生，有的会飞，有的会喷火，有的能释放高压电。各个实验者接入的碱基对完全相同，产生的效果却迥异。
许多地球人艳羡神奇的能力，主动改造基因，渐成流行趋势。一部分人对此担忧，基因作关键性的改变，人类还是人类吗
为保持血统纯洁，行政委员会立法，禁止改造地球人的基因。凡有违犯，改造者本人判处十年徒刑，替他人改造判处死刑。最严厉时，连普通生物的基因实验也停顿下来。
这时地球人移民中州星已繁衍至第三四代，地球原文化的影响力日益衰减，年轻人把中州认作故乡，对地球淡漠。为什么一定要当人类自己的基因自己做主，凭啥不行中州人有这个基因不是挺好么。
长期以来，地球先遣队对原住民高高在上，独自建立居住点，不相混杂。虽然不绝对禁止地球人和中州人婚恋，但通婚者必须搬出地球人城市，到中州社会居住。这早已埋下不满的种子。
固守地球传统的主力是老年人，掌握着权力和资源，人数少；要求变革的是底层年轻人，一穷二白，人数多，拥有热血和冲劲。
因为到陌生的星球探险，所以先遣队以军人为主，建立基地后实行军事化管理，大权操于七人行政委员会。法律非常严格，小罪徒刑，重罪处死。
在拓荒的初期，这属于明智选择，进入和平年代后就不合时宜了。
暴政必然产生暴民。一个宽容的社会，遇争执可有多渠道缓解，吵吵闹闹，天长日久拖下去，直到持旧观点的人死光，整个社会自然而然实现转型。高压社会相反，双方是你死我活的争斗，失败即意味着死亡，要想自己活得好就必须把对方从肉体上彻底消灭。
终于有一天，地球人的高压锅爆炸。城市骚乱，军队哗变，对立的阵营互相厮杀，多少亲人和朋友反目。
起初，盖亚对地球人深具好感。它刚从母脑分离，自我意识薄弱，因而羡慕地球人的强盛自我。它真心想和地球人结交，学习地球的文明。
可日迁月移，看多了地球人的残忍、卑鄙、猥琐、愚蠢，盖亚转而蔑视。怪不得母脑瞧不起有机生命体，要转化它们，这是一群不折不扣的渣滓啊。
早在几十年前，盖亚便请地球人建造暗能量衍射阵列，激发悖论逻辑锁封锁中州星的信息流。它的借口是，邻近星系有一个邪恶的种族，定期到中州星屠杀掳掠，需加以防备。
盖亚智力超凡，撒谎的技术却不怎么样，漏洞百出，地球人根本不相信。为了从傻乎乎的盖亚那里继续捞取高科技，他们阳奉阴违，铺下一个摊子后消极怠工，几十年没干出一点实绩。