联邦科学院为了发展人工智能，于是就参考了其它的外星种族，可所有的外星种族都没有过于提升机械的智慧，他们控制战舰也使用生物电波来控制。
为了防备人工智能叛乱诞生出机械怪这样的物种，人类也开始寻找更多的方法来防止并驯服人工智能。
就像人类最初接触火时，也只是将火当作是危险的事物，后来人类懂得了如何创造并驯服火之后，人类开始在自然界里渐渐站稳脚跟。
人类的态度摆明了他们的目的，他们看中了人工智能的巨大价值，他们绝对不会放这门领域的开发。
沃坦人就是放弃了人工智能领域，结果联邦就依靠比沃坦人先进的技术将沃坦人给比了下去。
如果遇到眼前的困难就退缩的话，那联邦还谈什么在银河中给人类争夺一席之地。
知晓机械怪会进化，人类一方开始着手应对这种强悍的挑战。
人类一方并无多少恐惧，就算机械怪很强，人类一方也是有备而来，实力相比于机械怪是只强不弱，只要趁机械怪没有进化成更强悍的物种前就立刻消灭掉。
联邦军一方有超越核武的量子湮灭炸弹，还有共生灵觉醒者们。量子湮灭炸弹可以迅速湮灭掉任何机械怪，而共生灵的突然袭击就可以将机械怪给轻松消灭掉。
尤其是共生灵之中的金属灵，这种操控金属的共生灵貌似是机械部队的克星，使用能力可以轻松将机械怪从内部破坏。
这些都是机械怪不能应对的，也绝对无法应对的。
所以联邦军总部开始派遣觉醒者，包括许多新的觉醒者们也一起加入了地下世界的征伐中，提升作战经验。
觉醒者加入后，联邦军总能够快速歼灭大量的机械怪并夺取机械怪盘踞的城市，有效减少了部队的巨大伤亡。
在进攻4号城市时，联邦军再一次跟超大型机械怪交上了手。
超大型机械怪开始变形时，共生灵们可以轻松穿过机械怪，来到机械怪的核心区域施展能力进行破坏，让机械怪从内部崩解。许多超大型机械怪在对联邦军进行攻击前，内部就已经毁伤严重，使用任何手段都不能阻止。
联邦军士兵可以轻松看见高耸入云的机械怪突然内部出现巨大的爆炸，全身冒出巨大的黑烟，整个机械怪发出巨大的惨叫，最后无力的栽倒在地上爆发出轰鸣的响声，没有了任何动静。
给联邦军带来惨重代价的超大型机械怪就这样死了，死在了神不知鬼不觉的共生灵手上。
联邦军开始攻占一座座城市，有些城市就和地下城市号的机械怪一样性情较为温和，和普通的动物没有任何区别，联邦没有刺激这些城市的机械怪，直接在城市周边建立起了考察站就了事。
但大部分城市的机械怪破坏性很大，联邦军要花费不少代价才能清除。
在行动中，联邦军收获的技术也逐渐增多，速度比猿族快了不少。
相反猿族在进攻城市的时候遭遇的阻力太大，因为他们没有量子湮灭炸弹那种高级武器，也没有共生灵的那种巧劲，每一次作战都是硬碰硬，导致每回的攻势都会被机械怪给打回去。
遭遇超巨型机械怪后，机械怪全身的激光炮同时指向地面，如同暴雨一般的光束猛然击发，将成千上万的绿皮兽人瞬间气化。而遭遇攻击的绿皮兽人不是和猿族一起躲避敌人，而是一股脑儿的向巨型机械怪冲去，一边冲锋一边用五花门的武器攻击巨型机械怪。
猿族在拼命，人类一方也在努力。
攻下了4座地下城市后，联邦军突然发现他们面对机械怪的攻击要频繁了许多。机械怪的攻击将联邦军给赶出了地下城市4号。
在付出了三千多人的伤亡后，联邦军成功反攻地下城市4号，并击溃了数股机械怪发起的攻击，为了不让机械怪在战争中不断进化，联邦军是让机械怪有来无回，快速进攻，快速的消灭掉机械怪，让机械怪来不及进化。
在攻下地下城市号之后，联邦军在机械怪里面发现了许多有用的东西，机械怪的体内有着不少的能量块。
机械怪体内的紫色能量块是一种可以储存庞大电量的新型材料，该材料的熔点、硬度都很高，主要成分是由铝元素构成，而铝元素的原子排列也很因为非常奇特使得能量块的材料不具有导电性，却具备庞大的蓄电性。
不仅仅是能量块，联邦军在机械怪的体内发现了不少的冷核聚变反应炉。大型的机械怪会合成了一种氢元素的同位素，这种同位素可不是氕、氘、氚，而是一种新的同位素。机械怪用这种新式同位素来进行冷核聚变，同时用超强磁场束缚起来，确保冷核聚变的安全性。
许多机械怪内部都有这样的能量块作为备用能源，冷核聚变作为主要能源，机械怪续航性和战斗力都比联邦军的武器要强的多，机械怪战斗力也比联邦军部队的战斗力强。
拥有能量块和冷核聚变技术对于联邦而言实在是太重要了，对于现今的联邦军而言，战舰可以建造的更小，但武器的威力却更加强大，能源系统不会占巨大的空间，可以给战舰内部腾出更多的空间，战舰内部的各项系统的功能会有不小的提高。
联邦军现今有很强的科学技术，能够将该能量块和冷核聚变反应堆给制作出来。
一系列的新发现预示着联邦军将会更加强大。
但随着联邦军遭遇的机械怪越来越多，联邦军对觉醒者的需求也越来越多。
可联邦军掌控的觉醒者数量太少，这迫使萧羽智开始加速对胡鸣的抓捕，没有解码器，光凭土办法是不能够满足地下世界的作战需求。
然而李毅的到来给了萧羽智巨大的机会。
李毅来到了西南大陆后，就秘密派人前往了联邦。
联邦将这人秘密带到联邦，从这位觉醒者的口中，萧羽智得知了李毅现在的情况。
李毅在来到西南大陆以后就开始和萧羽智秘密联络，这让一直不能轻举妄动抓胡鸣的萧羽智等到了希望。
李毅专门负责给萧羽智提供情报和觉醒者，李毅的要求很简单，那就是干掉胡鸣获得自由，没有什么东西比自由更加珍贵，并且希望萧羽智能够给李毅一官半职，继续为新建立的联邦服务。
萧羽智准许，他会让李毅统帅一支觉醒者部队，部队里全都是他的老部下。
这让李毅放心了许多，愿意死心塌地跟萧羽智干。
但萧羽智也做出了警告，一旦李毅将解码器据为己有，跟联邦作对，那联邦将会不惜一切代价铲除背叛者。
萧羽智陪李毅继续给胡鸣演戏。
这戏演的很棒，联邦境内发生了太多的恐怖袭击事件，许多的设施都被单兵核武器炸毁。
李毅对萧羽智展开的破坏非常恐怖，这可让胡鸣非常满意，他决定就让李毅进行对联邦军的破坏行动。
可实际上呢设施是萧羽智建造的假建筑，根本就没有任何的价值。
至于李毅的部队在恐怖活动中死了很多的人，胡鸣以为李毅的觉醒者们战死了不少。结果李毅的很多觉醒者们全都跑到了萧羽智的阵营里，李毅和萧羽智联合伪造了觉醒者的死亡。
萧羽智的觉醒者们开始飙升，数量迅速达到了一千多人。