莉莉的分裂体不光消灭了星球上所有的守军，更消灭了不少沃坦人的指挥高层，高级将领的大量死亡瞬间就让沃坦人的指挥体系混乱不堪，除了前线在和联邦军交战的主力外，遭遇莉莉攻击的地方基本上是全乱了。
指挥体系的混乱给了纳米机器人巨大的机会，它们开始成群结队向沃坦人的基地发起攻击，不费吹灰之力就消灭基地的守军，开始了萧羽智蓄谋已久的计划。
沃坦人的情况接着恶化下去，和莉莉的植物大军一起从地下钻出来的还有无数的纳米机器人聚合团，一团团巨大的聚合团子开始向沃坦基地涌去，这群团子是和分裂体一样都隐藏在地下许久，沃坦人一直没有发现。直到萧羽智发送信号启动对敌人的打击后，分裂体和纳米机器人这才运作开始对沃坦人实施进攻。
许多停泊在船坞的沃坦战舰都是无人舰，都正被莉莉的植物给死死缠住。
在大本营的沃坦人高层一片混乱的时候，纳米聚合团开始侵入沃坦战舰，替换掉沃坦战舰的核心部份，夺取沃坦战舰的指挥权，使之成为联邦的战舰。
联邦对沃坦舰队这么了解，也是因为在和沃坦人大量的战斗中，觉醒者小队附身了大量的沃坦人战俘，从中得知了沃坦人不少的情报，这才敢有纳米聚合团去侵蚀控制沃坦人的战舰。
萧羽智让沃坦人占领自己的星球，除了保存联邦的实力外，就是要抢沃坦人的战舰。
每一颗星球上的沃坦战舰成为了萧羽智的战舰，在萧羽智的指挥下开始升空作战。
看着一艘又一艘的侵蚀战舰起飞，萧羽智平静道：“你们的军队现在归我”
“控制所有的侵蚀战舰，我们开始反攻杀光所有的沃坦人”
纳米机器人不光侵蚀着战舰，还侵蚀着星球上的基地，调集基地的武器来攻击外太空的那些沃坦战舰。
沃坦人在太空也有不少的太空基地，在遭遇攻击后，基地上停泊的沃坦舰队紧急出动，来到指定的位置攻击星球上出现的植物。
莉莉的植物兵团虽然强，但很脆弱，沃坦舰队在短时间内就会清除掉所有的植物。
但星球上的基地突然向舰队和太空基地开火，将战舰和太空基地化作了太空尘埃，惹得不少沃坦士兵大骂地表基地的守军究竟是在干什么，居然打起了自己人。
可他们随后就意识到他们的基地已经被占据，不少的防御武器已经落入了敌人的手上。
然而好景不长，星球上大量的战舰依次升空，开始对他们展开最后的收割。
起初那些在遭遇防御武器痛打的沃坦舰队以为是升空的战舰是援军，是从沦陷的基地里逃出来的。但这些已经被侵蚀的战舰在向沃坦人发动攻击时，沃坦人这才明白这些舰队不是他们友军，已经是他们的敌人。
敌人还不少，足足有成千上万，这些进攻联邦的武器反倒成为了联邦杀光沃坦人的宝刀。
纳米机器人入侵完成后，所有的侵蚀战舰在植物兵团的掩护下全部升空，哪怕是一艘没有武器的战舰也被用来撞击敌人。每一颗小星球上停泊着三万到十万不等的沃坦舰队，数十颗小星球的侵蚀战舰加起来足足超过了八十多万之多
这大概是炎黄联邦自成立后最大的一次扩军吧。
纳米聚合团侵蚀掉所有的战舰后，萧羽智发起了进攻：“让我们展开对沃坦舰队的屠杀”
萧羽智不止一次向沃坦人主动联系过，希望能够结束战争，大家相互合作各取所需。
但结果呀，却是热脸贴在冷屁股上，沃坦人不仅回绝了萧羽智，还唾骂萧羽智他们人类是恶魔，该下地狱的杂种，着实让萧羽智碰了一鼻子灰。
“虽然我不知道你们跟我们人类有什么仇，但你们要杀我，我岂能把脖子挺着让你们来砍”见敌人不怀好意，萧羽智决定不给他们好脸色，“那就全部杀了吧，别到时候打到老巢又要来求我。”
八十多万侵蚀战舰和植物军团升空之后，很快就将星球周围残存的沃坦宇宙舰队给扫荡干净。
萧羽智控制这八十多万艘战舰向数个地方集结，然后向沃坦主力舰队扑去。
整个星空全是联邦清一色的侵蚀舰队，这股大军的战力势不可挡。
联邦要打一场规模宏大的包围歼灭战，打败沃坦主力，然后趁势杀向敌军的老巢。
而另一方面，联邦最大战舰“远征号”在安装了新式的武器之后，和数支舰队一起向没有遭遇植物和纳米聚合团打击的星球驶去，要将沃坦人的残余势力也给消灭干净。
一场规模巨大的歼灭战开始。
正在跟联邦主力舰队打得正火的沃坦主力舰队，在见到后方出了那么大的乱子，完全没有了和联邦主力继续打下去的动力。
很明显，保存实力才是首选，不能让人类舰队打一场规模巨大的歼灭战。
沃坦舰队指挥官沃塔尔果断指挥舰队撤退，向没有遭遇地方攻击的沃坦领地撤退，和领地内的沃坦舰队一起阻挡联邦舰队的猛攻。
这时，人类一方突然联系上了沃坦主力舰队。
“尊敬的沃坦帝国，我是联邦军的最高总指挥萧羽智，你们现在已经战败，你们现在能选的道路只有两个，一个是被我们消灭，另一个就是投降并上缴所有的技术，联邦将会保证所有沃坦人的生命安全。”
“愚蠢野蛮的人类，我们沃坦人是不会再一次屈服于你们，最后的胜利者一定是我们沃坦帝国，你们人类一定会被我们沃坦人给杀光”沃坦人沃塔尔做出了他们的选择，他们就算全部战死，也不会做投降的懦夫。
“如你所愿，我将带给你们死亡”萧羽智下令发动全面攻击。
侵蚀战舰中有不少是给联邦带来巨大威胁的奥伽战舰，奥伽战舰在联邦军的指挥下向沃坦主力舰队发起攻击，侵蚀奥伽战舰集结起来后就快速来到了沃坦主力舰队面前。
联邦控制侵蚀者奥伽战舰连续不断攻击沃坦主力舰队，沃坦主力舰队顿时遭遇了巨大的压力，联邦军是狠狠的报复了沃坦人。
自家人熟知自家事，沃坦人清楚奥伽战舰的威力，该战舰的速度太过快速他们追都追不上，要追上就只有用那些没有被侵蚀的奥伽战舰。
可主力舰队此刻正用奥伽战舰阻击联邦主力舰队，联邦主力舰队开始发动反击。攻势非常凶猛。
沃塔尔只能够壮士断腕，牺牲很多的舰队去阻击侵蚀舰队群，然后率领其余的舰队返回沃坦领地。
在联邦军主力和侵蚀舰队群的威胁下，源源不断的沃坦舰队被牺牲掉，已经有近有一半的沃坦舰队被沃塔尔给牺牲掉。
但所幸，沃塔尔的牺牲换来了沃坦主力没有被人类全歼的风险。
沃塔尔本来想快速撤退到友军领地，和友军一起阻挡联邦的攻击。
但领地内的友军很快便向沃塔尔紧急联络，友军喋喋不休，说他们会尽量拖住联邦进攻的步伐，让沃塔尔赶紧率领主力部队返回大本营。
沃塔尔想知道是怎么一回事时，友军向他发送了许多观测图像，图像上是沃坦人最为熟悉的巨舰“远征号”。